Rekstur upplýsingakerfa samanstendur af rekstri þess hugbúnaðar, vélbúnaðar, annars búnaðar og mannafla sem að vinnslu upplýsinganna kemur.

Mögulegt er að skipta rekstri upp og kaupa að einstaka þætti rekstursins.

Mikilvægt er að koma upp og viðhalda handbók um upplýsingakerfi stofnana og fyrirtækja(kerfishandbók/rekstarhandbók). Þar á að lýsa vélbúnaði, hugbúnaði og þjónustu, uppsetningum og stillingum. Einnig er eðlilegt að hafa í handbókinni skrá yfir birgja, þ.e. aðila sem útvega vörur eða þjónustu sem upplýsingakerfinu/kerfunum tengjast. Huga þarf að því að efni handbókarinnar sé ekki aðgengilegt óviðkomandi aðilum.

Til að halda áhættu á vandamálum í rekstri upplýsingakerfa í lágmarki er mikilvægt að verklag sé skráð og starsfólk þjálfað. Viðeigandi prófun hugbúnaðar og fyrirbyggjandi viðhald vélbúnaðar eru einnig sjálfsagðir þættir í góðum rekstri upplýsingakerfa.

Þegar vandamál koma upp í rekstri eða villa í vinnslu þarf að greina vandamálið og grípa til viðeigandi ráðstafana. Ástæða vandamáls getur hvort heldur er verið villa/bilun í vélbúnaði, hugbúnaði eða gögnum(ílagsgögnum). Í mörgum kerfum er sjálfvirk atburðaskráning(loggun). Greining vandamála felst oft í skoðun slíkrar skráningar. Þegar viðbrögð við bilunum eru ákvörðuð er eðlilegt að taka tillit til krafna um uppitíma kerfa. Frávik og vandamál þarf að skrá og yfirfara með það í huga að fyrirbyggja svipuð vandamál í framtíðinni.

Staðallinn ISO/IEC 17799 Upplýsingatækni - Starfsvenjur fyrir stjórnun upplýsingaöryggis veitir gagnlegar leiðbeiningar um mörg atriði sem varða rekstur upplýsingakerfa.

Staðallinn ISO/IEC 27001 (BS 7799-2) Stjórnkerfi upplýsingaöryggis – Kröfur, inniheldur kröfur sem gerir kleift að meta stöðu öryggis upplýsingakerfa.

• Þjónustusamningar hjá ríkinu (Frétt frá Fjármálaráðuneytinu febrúar 2007)
• Reglugerð nr 343/2006 um samninga um rekstrarverkefni sem ráðuneyti og ríkisstofnanir gera til lengri tíma en eins árs.
• Útvistunarstefna ríkisins 2006
• Þjónustusamningar milli ríkisstofnunar og verksala um tiltekna þjónustu (Stjórnendavefur)
• Opinber innkaup á vél- og hugbúnaði ásamt þjónustu á sviði upplýsingatækni (Stjórnendavefur)
• Hýsing
• Staðlar
• Staðlaráð Íslands